
Estas ruinas están relacionadas con el proceso expansionista de los Incas al actual Ecuador que sucedió a finales del siglo XV (1480).
El estado Inca había realizado una campaña de guerras para someter a los pueblos del norte. Los Paltas y Cañaris de la región sur del actual Ecuador fueron unos de los primeros grupos humanos en ser sometidos. Para reforzar su alianza estratégica y la inclusión del pueblo cañarí, Tomebamba fue fundada por Túpac Yupanqui tras la victoria conseguida sobre estos. La ciudad fue considerada como cuna natal de su hijo Huayna Cápac y por consiguiente, pasó a convertirse en un espacio sagrado en el que se levantaron majestuosos templos y palacios.
Según la historia, Tomebamba fue destruida por el inca Atahualpa como castigo por el apoyo que prestaron los cañari a Huáscar en la guerra por la sucesión del trono de Huayna Cápac. En el centro de la ciudad se encontraban el Templo del Sol y el convento de las Vírgenes del Sol, que fueron parte de una de las urbes más imponentes y hermosas del antiguo imperio incaico. Tomebamba contaba además con edificaciones dedicadas al uso político, administrativo y religioso.
En la fundación de la ciudad española de Cuenca, los españoles no hacen referencia alguna de ruinas o complejos arquitectónicos existentes en el sitio sobre el que iban a fundar la ciudad. Cuenca, entonces, se fundaría en un lugar libre de obstáculos, relativamente alejado de la antigua Tomebamba. Pumapungo, siendo sede importante de los más importantes templos y palacios de la ciudad Inca Imperial, no posee en la actualidad sillares representativos, lo que presupone que casi todo fue sacado del lugar, por lo que se pueden ver únicamente los cimientos.
No cabe duda que las mejores piedras de los palacios y templos de Pumapungo fueron trasladados desde ese lugar hacia los molinos de Todos Santos, la Catedral Vieja, el sendero de la casa de la Calle Larga y Escalinata, San Blas y los patios de San Francisco de la ciudad moderna de Cuenca. También pudieron haber sido usados en otras construcciones españolas que acabaron con mucho de este patrimonio cultural.
Es conocido que uno de los procesos sociales para fundar la ciudad Inca de Tomebamba fue incluir parte de la mitología y religiosidad cuzqueña, así como algunas de las características del Cuzco a la segunda sede Imperial. Se buscó incluir en Tomebamba una elevación, topónimo del Huanacauri de Cuzco, que en la dicción Ayar no puede ser traducida al español. Huanacauri es el nombre de una loma del Cuzco, de gran importancia en la mitología inca, donde moraba el pájaro Ayar Uchuy y de donde se originaron los reyes incas. Huanacairi fue incorporado en Tomebamba con el mismo nombre. En quichua significa arco iris.